Že samo poimenovanje Podbrje izraža lego te cerkve, ki leži “pod brdi”. Domačini ji pravimo “pri sv. Roku”. Razlaga za tako poimenovanje se skriva v predhodnici obstoječe cerkve, ki je bila zagotovo manjša in najverjetneje posvečena sv. Roku, zavetniku pred kužnimi boleznimi. Zgrajena je bila na prehodu v 16. stoletje. To dokazujeta arhivska listina z letnico 1503, in letnica 1502 na enem izmed sklepnikov v prezbiteriju cerkve.

      

Cerkev je na zunaj preprosta, ima značilno kraško arhitekturo, ki jo zaznamuje podolgovat tloris s tristrano zaključenim prezbiterijem in zvonikom na preslico. Cerkev nosi dvokapno streho, pokrito s “škrlami”, ki ji dajejo pravi primorski značaj. Vhodni portal je poznorenesančni, nad njim je rozeta podobna tisti na pročelju župnijske cerkve sv. Vida.

Najstarejši del cerkve predstavlja gotski prezbiterij z rebrastim obokom, ki je bržkone ostanek prvotne kapele iz druge polovice 15. stoletja. Prvotna cerkev je bila bistveno manjša in bolj podobna kapeli, velikosti današnjega prezbiterija.Kip sv. Petra na levi strani glavnega oltarja V 17. stoletju Pročelje cerkveje bila cerkev predelana v zgodnjebaročnem slogu in dobila današnjo podobo, kar nakazujeta letnici na glavnem vhodnem portalu (1636) in na reliefu na zunanji strani prezbiterija (1644). Razširitev in predelavo cerkve naj bi finančno podprla v sosednji graščini bivajoča rodbina Rossetti v namen pomiritve vesti zaradi bratomorstva ali ozdravitve kužne bolezni, ki je takrat razsajala. O tem pričajo ustanovne maše. Listina o ponovni posvetitvi cerkve v Podbrjah je bila izdana leta 1642.

V 17. in 18. stoletju je cerkev dobivala današnjo podobo. To nakazuje tudi upodobitev cerkvene stavbe v Valvasojevi Slavi vojvodine Kranjske iz leta 1689. V naslednjih desetletjih je cerkev doživljala bolj klavrno usodo, Kip sv. Pavla na desni strani glavnega oltarjasaj je bila sodeč po virih s konca 19. stoletja silno zanemarjena. Leta 1893 je bila znova nekoliko popravljena in ponovno blagoslovljena.

Med prvo svetovno vojno je služila kot vojaška bolnišnica za ranjence iz soške fronte, nato pa še kot konjušnica. Med obema vojnama je bila deloma obnovljena, resnejše in celovitejše obnove pa so se začele šele v šestdesetih in sedemdesetih letih prejšnjega stoletja. Sedanjo podobo je cerkev dobila po zaključeni obnovi in restavriranju lesenih pozlačenih oltarjev leta 1986 ter obnovi zunanjščine in notranjščine v naslednjih letih. Notranjost je bistveno bogatejša, kot kaže zunanjščina cerkve. V njej se bohotijo trije t. i. “zlati oltarji”. Oltarji so leseni, rezljani, pozlačeni in deloma barvani. Po času nastanka sodijo v 17. stoletje. Stranska oltarja sta še poznorenesančna, predvsem desni stranski oltar, medtem ko glavni kot zaključena celota že deluje povsem baročno. Njihova posebnost je v pestrosti in bogastvu figuralne motivike, človeških podob, angelskih figur in rastlinskih motivov.

Najstarejši od treh oltarjev je desni stranski oltar. Posvečen je sv. Rešnjemu Telesu. Angela v rokah nosita monštranco, ki je iz ozadja obsijana z žarki. Na levo in desno sta v nišah starozavezna očaka Mojzes in Aron, nad njima pa se na vrhu dviga vstali Kristus. V spodnjem delu oltarne mize je zapisana letnica 1642.

Levi stranski oltar je nekoliko mlajši in že veliko bogatejši. Posvečen je Mariji Devici, ki v rokah drži Jezusa. V levi niši je kip sv. Roka, upodobljenega kot popotnika s klobukom, palico in psom, ki mu v gobcu prinaša kruh. V desni niši pa je upodobljen sv. Boštjan, mučenec, prestreljen s puščicami. Oba svetnika sta zavetnika zoper kugo in kužne bolezni. Nad kipom Marije je v manjši niši upodobljen Bog Oče, na vrhu pa vstali Kristus. Na spodnjem delu oltarja zasledimo letnico 1649.

Trije "zlati" oltarji v cerkvi sv. Kozma in Damjana

Glavni oltar je največja mojstrovina in bogastvo cerkve. Posvečen je sv. Kozmu in Damijanu, zavetnikoma zdravnikov ter bolniških delavcev. Oltar se odlikuje po bogastvu okrasja in kipov. Čeprav so nekateri elementi oltarja še renesančni, kot celota oltar deluje baročno.

      

Kamniti relief Križanega na zunanji strani prezbiterijaGlede na razsežnosti in površino je oltar sv. Kozma in Damijana eden največjih lesenih oltarjev na Slovenskem. Imenujemo ga Sperandijev oltar. Angelo Sperandi je bil mojster, ki je glavni oltar pozlatil, medtem ko naj bi lesarsko-rezbarsko delo pripadlo mizarski in rezbarski delavnici Avguština Ferfile iz Ljubljane, kar pa še ni povsem dokazano. Oltar je izmed vseh najmlajši, saj nosi letnico 1657.

Oltarno jedro predstavljata kipa sv. Kozma in Damijana, skoraj v naravni velikosti, ki ju iz oblakov opazuje Bog Oče. Levo in desno od njiju se oltar simetrično širi, delijo pa ga po trije leseni in bogato rezljani stebri, okrašeni z angelskimi podobami, rastlinskim okrasjem, grozdjem in trtnimi viticami. Pod stebri so na vsako stran po tri majhne niše, v katerih so postavljeni posamezni svetniki, levo in desno od teh pa nad oltarnimi vrati stojita prvaka apostolov sv. Peter in sv. Pavel. Navzgor nad njima se dvigajo manjši kipi štirih evangelistov: sv. Luka, sv. Janez, sv. Marko in sv. Matej, vsak s svojim simbolom, ob njih pa so starozavezni preroki Ezekijel, David, Izaija in Jeremija. V manjših nišah sta levo in desno upodobljena še sv. Frančišek Asiški in sv. Miklavž. V sredini nad glavno nišo je okrogla niša, v kateri je izoblikovan prizor Elije, vzpenjajočega se na gorečem vozu, ki ga opazuje Elizej.

Vrh oltarja v majhni niši zaključuje napis IHS. Značilnost vseh niš je svetlomodro ozadje, ki spominja na barvo neba.